Sau trận chiến quần đảo Santa Cruz vào tháng 10 và hải chiến Guadalcanal vào tháng 12 1942, Hạm đội liên hợp Nhật đã rút về Truk, Palau và Singapore để tổ chức lại lực lượng. Ngày 18 tháng 4 1943, đô đốc Isoroku Yamamoto, tổng tư lệnh hạm đội liên hợp bị máy bay Mỹ bắn hạ và chức vụ này được thay thế bằng đô đốc Mineichi Koga. Hải quân Nhật giờ đây có nhiệm vụ bảo vệ vành đai phòng thủ trên Thái Bình Dương bao gồm quần đảo Solomon, quần đảo Gilbert, quần đảo Mariana và quần đảo Aleutian.

Koga chết trong một tai nạn máy bay vào tháng 3 1944 và được thay thế bằng đô đốc Soemu Toyoda từ Tokyo, một người chưa bao giờ nhìn thấy tận mắt bất kì trận đánh nào của cuộc chiến và tất nhiên là không có kinh nghiệm chiến đấu.[4] Hạm đội liên hợp, từng là niềm tự hào của đô đốc Yamamoto đã bị chia thành nhiều lực lượng nhỏ. Trong đó, lực lượng lớn nhất là hạm đội số 3, hay Hạm đội cơ động và được chỉ huy bởi phó đô đốc Jisaburo Ozawa.

Tháng 11 1943, bộ chỉ huy hải quân Nhật cho rằng thời cơ để tổ chức một cuộc phản công tại Thái Bình Dương đã đến khi mà sự xuất hiện của các hàng không mẫu hạm và thiết giáp hạm mới đã làm cân bằng lực lượng giữa Nhật và Mỹ. Một hoạch đã được vạch ra là "Chiến dịch A" (あ号作戦) theo đó các máy bay trên hàng không mẫu hạm kết hợp với các máy bay từ căn cứ mặt đất sẽ tấn công và tiêu diệt hạm đội Mỹ, sau đó tiến đến tiêu diệt lực lượng đổ bộ. Vào ngày 3 tháng 5, lệnh thực hiện Chiến dịch A đã được đưa ra và hạm đội Nhật bắt đầu tư thế chờ đợi.

Ngày 15 tháng 6 1944, hạm đội Mỹ do phó đô đốc Raymond A. Spruance bắt đầu cuộc đổ bộ vào Saipan. Trước đó vào ngày 11 tháng 5, hạm đội cơ động Nhật đã rời Singapore đến Tawitawi, hòn đảo nằm ở cực nam Philippines. Đô đốc Toyoda đã gửi một thông điệp đến tất cả các chiến hạm của Nhật Bản, dựa theo câu nói nổi tiếng của đô đốc Tōgō Heihachirō trong trận Tsushima năm 1905: